Později vyučoval ve Fulneku

Později vyučoval ve Fulneku. Narodili se mu 2 synové. Později jeho žena a synové umírají. Zastihla ho další katastrofa – porážka na Bílé hoře. Tvořil díla pro emigranty. Psal česky a později i latinsky. Rozhodoval se jestli bude emigrovat. Všichni museli přejít na katolickou církev. Proto odchází do polského Lešna. Vyučuje tam na gymnáziu a píše díla
– Brána jazyků otevřená – (učebnice jazyků – latiny)
– Informatorium školy mateřské – (teoretický spis o předškolní výchově dětí.)
– Didaktika magma – (zásady moderního vyučování a výchovy např. vyučování pro všechny, zdarma a v mateřském jazyce; důraz na praxi – učit vědomostem i dovednostem; důraz na tělesnou výchovu; názornost vyučování – postup od známého k neznámému, poznávání přírody; důležitost kázně. Spis obsahuje i názor na koncepci vzdělání; rozdělení výchovy do 4 stupňů po 6 letech na výchovu předškolní, tj. v rodině, pak ve škole obecné, dále latinské (gymnázium) a na univerzitě – doplněno cestováním)
Pansofie – vševěda – zabývá se všemi vědami, které dřív existovaly. Komenský ji studoval a zapisoval do velké encyklopedie. Jeho rukopisy ale vyhořely. V období emigrace psal latinsky, ale podklady byly české. Věří po celou dobu, co byl ve Švédsku, že se vrátí do Čech. Vrátil se však do Polska do Lešna a tam mu zemřela 2. manželka. Odcestoval do Amsterodamu a žil sám. V Amsterodamu také zemřel.
– O poezii české – (propaguje časomíru)
– Listové do nebe – (5 fiktivních dopisů chudých Kristovi)